El juego comienza con una historia explicando que nosé porqué (supongo que por un virus o algo, no entiendo japonés) algunos Toads han "engordado" demasiado. Luego tienes que dirigirte al castillo de peach, donde Bowser atacará. Es la típica batalla para aprender los comandos de acción y tal. Cuando derrotes a Bowser, Peach lo mandará volando. Entonces tomas el control de Bowser y aprendes sus controles básicos fuera de batalla (golpear y lanzar llamas, no puede saltar) hasta encontrarte con Fawful, que dará un extraño champiñón a Bowser. Luego este va al castillo de Peach y engulle a todos. Dentro del cuerpo de Koopa, rescatas a Luigi y empezarás las batallas serias. Más tarde te encontrarás con un nuevo objeto (ni idea del nombre). Cada vez que colecciones 10 de estos aprenderás una nueva técnica (la primera es el Caparazón Koopa, cmo el objeto tándem de PiT). Después consigues el Martillo, que esta vez tiene un "timing" más estricto, pero que si lo logras hacer perfecto verás los buenos efectos que tiene el juego. Al final del camino podrás elegir a que parte del cuerpo de Bowser ir (hay varias zonas, una tienda, y algo raro que no sé que es, pero parece algo bueno), hasta que "despiertes" a Bowser. Ahora el control vuelve sobre Bowser y te explican como ir cambiando de Bowser a Mario & Luigi y viceversa. Bueno, después de atravesar unos caminos llegas a un "jefe", imposible de ganar, y luego podrás disfrutar luchando contra unos Goombas con piruleta manejando a Bowser. Más adelante llegarás a una playa, donde un simpático hombrecillo con cabeza de bloque te dará la habilidad de Tragar, que te será útil sobre los Pokey "diente" del área, y luego llegarás al primer combate importante contra un robot fuente con un blooper. Al ganarle tienes que hacer que Bowser trague agua de la fuente para ir avanzando con Mario & Luigi en la pantalla inferior, hasta encontrar a Kinopio que te enseñará una nueva técnica.

Y en fin, ahí me he quedado.

...que es el enemigo final del juego, junto con "Dark Bowser".